他のメールソフトやフリーメールのPOP機能を利用（ご本人がお気付きで無い場合もあります）されている場合、受信トレイのメールが消える可能性があります。簡単な切分方法としてECS-IDのパスワードを変更後にしばらくしてWebメール（ＯＷＡ）にログインして本事象が発生しないかをご確認ください。
また、削除されたメールは、Webメールの受信トレイの「削除済アイテム」を右クリックで表示される「削除済みアイテムの回復...」で回復できる可能性がありますのでご確認ください。