WEBホスティングサービス・タイプSは、さくらのレンタルサーバを利用していますが、さくらインターネット社のWebサイトには以下の記載があるためリスクはないと考えています。

また、さくらのレンタルサーバで利用しているOS「FreeBSD」のバージョンが古いため不安になっている方もいらっしゃるかもしれません。OSが古くてもセキュリティパッチなどは自社で対応しておりますのでご安心ください。さらに一部のお客様はFreeBSD11へのバージョンアップを行っております。
参考:さくらインターネット社サイト

また、さくらインターネット社にレンタルサーバに関するセキュリティアップデートの詳細を問合せたところ、以下の回答がありました。

レンタルサーバは管理者権限をお渡しするサービスではないため詳細は非公開情報となり、
現在Web上でご確認いただいている情報以外は開示は控えさせていただいております。
しかしながら、弊社でサーバ管理を行っているため、各種脆弱性の情報については
日々収集を行っており、しかるべき対応を行っております。
特にお客様に影響が出るような脆弱性(セキュリティ面含め)は、早急に対処しておりますのでご安心ください。
またOSのアップデートについては、多くのお客様に影響を及ぼす可能性のあるものですので、
頻繁におこなえるものではないため、弊社で安定性やミドルウェアとの互換など
を考慮して時期を調整しておこなっております

<参考>
以下のWebページも併せてご参照ください。

・PHP提供ポリシー
https://help.sakura.ad.jp/360000115461/
・不正アクセスに対する弊社での取り組み
https://help.sakura.ad.jp/360000044181/