【スパコン】年度末保守でのソフトウェアアップデートのお知らせ / Notification of the Software Update
平成25年3月29日からの年度末保守において，ソフトウェアのアップデートを実施しました．
新しく導入したバージョンの情報とともに，環境設定ファイルの変更についても記載しましたのでご確認ください．
- ソフトウェアの新バージョン導入
- module環境設定時のデフォルトバージョンの変更
- 一部moduleファイルの廃止について
- Intelコンパイラのmsse3オプション自動付与廃止について
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The software on the supercomputer has been updated in annual maintenance that had been performed from March 29, 2013.
The following tables show the changes of software versions and configuration files.
- New Versions of Software
- Default Versions When Configuring the Module
- Modulefiles Which Become Obsolete
- Disabling the Automatic Addition of the -msse3 Option in Intel Compiler
1. ソフトウェアの新バージョン導入 / New Versions of Software
今回の保守で導入した，ソフトウェアの新バージョンは下表に記載した通りとなります．
なお，各ソフトウェアの利用方法については，以下のWebページをご覧ください．
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Those listed below are the new versions of software installed in maintenance.
For details on how to use each software, please visit the following webpages.
- Compilers and Libraries http://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/en/compiler
- Application Software http://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/en/application
| ソフトウェア名 Software | 新しく公開したバージョン New Version | 対応するmoduleファイル Modulefile |
|---|---|---|
| Cray compiler | 8.1.5 | cce/8.1.5 |
| Intel compiler | 12.1.6 | intel/12.1.6 |
| 13.1.0 | intel/13.1.0 | |
| PGI compiler | 12.10 | pgi/12.10 |
| 13.3 | pgi/13.3 | |
| CUDA compiler | 4.2.9 | cuda/4.2.9 |
| 5.0.35 | cuda/5.0.35 | |
| Cray MPI library | 5.6.2 | cray-mpich2/5.6.2 |
| Intel MPI library | 4.1.0.030 | impi/4.1.0 |
| Cray LibSci library | 12.0.00 | cray-libsci/12.0.00 |
| ACML library | 5.3.0 | acml/5.3.0 |
| Intel MKL library | 10.3.12 | mkl/10.3.12 |
| 11.0.2 | mkl/11.0.2 | |
| NAG library (SMP) | Mark23 | nag_smp/23_intel |
| Intel VTune Amplifier | xe2011 Update10 | iutils/xe2011 |
| xe2013 Update5 | iutils/xe2013 | |
| Intel Trace Analyzer / Collector | 8.1.0.224 | iutils/xe2013 |
| Intel Inspector | xe2011 Update10 | iutils/xe2011 |
| xe2013 Update4 | iutils/xe2013 | |
| Intel Advisor | xe2013 Update2 | iutils/xe2013 |
| AVS | 8.1 | avs/8.1 |
| ENVI | 5.0 SP2 | envi/50sp2 |
| IDL | 8.2 SP2 | idl/82sp2 |
| tecplot | 2013 R1 | tecplot360/2013R1 |
| Mathematica | 9.0.1 | mathematica/9.0.1 |
| MATLAB | 2013a | matlab/R2013a |
| MOPAC | 2012 | mopac/2012 |
| MSC Nastran | 2012.2 | nastran/20122 |
| Patran | 2012.2.1 | patran/2012.2.1 |
| LS-DYNA | R6.1.1 | ls-dyna/ls971-6.1.1 |
| ANSYS | 14.5 | ansys/v145 |
| Totalview | 8.11.0 | xt-totalview/8.11.0 (System A) |
| totalview/8.11.0 (System B/C) |
2. module環境設定時のデフォルトバージョンの変更 / Default Versions When Configuring the Module
moduleコマンドによる環境設定時のデフォルトバージョンを，以下の通り変更しました．
moduleファイル名のスラッシュ（/）とバージョンを省略してロードすると，デフォルトのバージョンが読み込まれます． デフォルト以外のバージョンを利用したい場合は，スラッシュとバージョン番号を明記してロードしてください．
Modulesを使用した環境設定の詳細については，以下のWebページをご覧ください．
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Those listed below are the default versions of when configuring by using the module command.
If the slash (/) and the version number of a module file are omitted when loading, the default version will be set. Also, if you use the software version besides default, include the slash and the version number clearly when loading.
For details on the configuration by using Modules, please visit the following webpage.
| ソフトウェア名 Software | デフォルトバージョン（変更後） Default Version (Current) | デフォルトバージョン（変更前） Default Version (Previous) |
|---|---|---|
| Cray compiler | cce/8.1.5 | cce/8.1.0 |
| Intel compiler | intel/12.1.6 | intel/12.1.3 |
| PGI compiler | pgi/13.3 | pgi/12.8 |
| CUDA compiler | cuda/4.2.9 | cuda/4.1.28 |
| Cray MPI library | cray-mpich2/5.6.2 | xt-mpich2/5.5.3 |
| Cray LibSci library | cray-libsci/12.0.00 | xt-libsci/11.0.06 |
| ACML library | acml/5.3.0 | acml/5.1.0 |
| Intel MKL library | mkl/10.3.12 | mkl/10.3.9 |
| NAG library (SMP) | nag_smp/23_intel | nag_smp/22_intel |
| AVS | avs/8.1 | avs/8.0 |
| ENVI | envi/50sp2 | envi/48 |
| IDL | idl/82sp2 | idl/80 |
| tecplot | tecplot360/2013R1 | tecplot360/2011R2 |
| Maple | maple/16 | maple/15 |
| Mathematica | mathematica/9.0.1 | mathematica/8.0 |
| MATLAB | matlab/R2013a | matlab/R2012a |
| MOPAC | mopac/2012 | mopac/2009 |
| MSC Nastran | nastran/20122 | nastran/20121 |
| Adams | adams/2013 | adams/2012 |
| Marc/Marc Mentat | marc/2012 | marc/2011 |
| marc_mentat/2012 | marc_mentat/2011 | |
| Patran | patran/2012.2.1 | patran/2012 |
| LS-DYNA | ls-dyna/ls971-6.1.1 | ls-dyna/ls971-5.1.1 |
| ANSYS | ansys/v145 | ansys/v130 |
| Totalview | xt-totalview/8.11.0 (System A) | xt-totalview/8.9.2 (System A) |
| totalview/8.11.0 (System B/C) | totalview/8.9.2 (System B/C) |
3. 一部moduleファイルの廃止について / Modulefiles Which Become Obsolete
今回の保守をもって，環境設定用のmoduleファイルの一部についてメンテナンスを終了し，廃止予定として扱うこととなりました．
対象となるmoduleファイルは /opt/app/modulefiles/obsolete に置かれています．2013年度末の保守を目途に，これらのファイルを削除しますので，新しい名称のmoduleファイルで環境設定を行うようにしてください．
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The modulefiles for configuration listed below are planned to become obsolete after this maintenance.
The applicable modulefiles are stored in the following: /opt/app/modulefiles/obsolete. These files will be removed in the next annual maintenance which is performed at the end of fiscal year 2013. Please use the renamed modulefiles when configuring.
| ソフトウェア Software | 廃止対象のmoduleファイル Modulefiles as Obsolete | 新しいmoduleファイル Renamed Modulefiles |
|---|---|---|
| Intel compiler | intel/12.1 | intel/12.1.3 |
| PGI compiler | pgi/fortran_server/10.5 | pgi/10.5 |
| pgi/fortran_server/11.8 | pgi/11.8 | |
| pgi/fortran_server/12.3 | pgi/12.3 | |
| pgi/fortran_server/12.8 | pgi/12.8 | |
| pgi/12.3.0 | pgi/12.3 | |
| Cray MPI library | xt-mpich2/5.4.4 | cray-mpich2/5.4.4 |
| xt-mpich2/5.5.3 | cray-mpich2/5.5.3 | |
| Intel MPI library | intel/impi-4.0 | impi/4.0.3 |
| intel/impi | impi/4.1.0 | |
| Cray LibSci library | xt-libsci/11.0.06 | cray-libsci/11.0.06 |
| Intel MKL library | intel/mkl | mkl/10.3.9 |
| IMSL library | imsl/fnl701 | imsl/fnl701-intel |
| NAG library | nag/smp/22_intel | nag_smp/22_intel |
| nag/para/3_intel | nag_para/3_intel | |
| Intel debugger / profiler | intel/insp | iutils/xe2011 |
| intel/ampl | ||
| intel/itac | ||
| intel/utils | ||
| iutils/2012 | ||
| Gaussian | gaussview/5.0.9 | gaussian09/c01 |
| MOPAC | mopac/2009 | サポート終了のため非公開 (End of Support) |
4. Intelコンパイラのmsse3オプション自動付与廃止について / Disabling the Automatic Addition of the -msse3 Option in Intel Compiler
これまで，Intelコンパイラのコンパイルコマンドには，Intelプロセッサ向けに最適化を行うオプション -msse3 が自動で付与されていました． 今回の保守で -msse3 オプションの自動付与を廃止いたしましたので， -msse4.2 などの最適化オプションを必要に応じて手動で付与するようにしてください．
【2013.06.11 追記】
本章の記事に誤りがありました．システムAのIntelコンパイラではmsse3オプションが自動付与されます．詳細については，以下のURLをご確認ください．
https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/ja/compiler/intel#default_option
ご利用の皆様にはご不便とご迷惑をおかけいたしまして，申し訳ございませんでした．
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Before maintenace, the -msse3 option, which performs an optimization for Intel processor, has been automatically added to the compile command of Intel compiler. Since the automatic addition of the -msse3 option has been disabled in this maintenance, please manually add an optimization option such as - msse4.2 as necessary.
[Postscript, June 11, 2013]:
The information above about the -msse3 option is incorrect. When using the Intel compiler in the system A, the -msse3 option will be added by default. For details, please visit the following webpage.
https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/en/compiler/intel#default_option
We apologize for any confusion this may have caused.
| お問い合わせ | 京都大学 情報部 情報基盤課 研究支援グループ 電話番号：075-753-7431 E-mail：consult 画像
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