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【スパコン】定期保守でのシステムアップデートのお知らせ / Notification of the System Update

publication date : Dec.18, 2013


平成25年12月17日の定期保守において,以下のアップデートを実施しました.

新しく導入したソフトウェアのバージョンやmodule環境設定ファイルの情報についても記載しましたのでご確認ください.

  1. システムAへのaprunラッパーコマンド導入(IntelコンパイラのOpenMP障害への対応)
  2. known_hostsファイルのハッシュ化
  3. ソフトウェアの新バージョン導入
  4. Module環境設定時のデフォルトバージョンの変更

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After the completion of the periodic maintenance on Dec. 17, 2013, the Supercomputer systems have been updated as below:

  1. Aprun wrapper command was introduced to the System A (as the solution to the failure of OpenMP with Intel compiler).
  2. known_hosts files have been hashed.
  3. New versions of the software are now available.
  4. The default version when configuring the module has been changed.

 

1. システムAへのaprunラッパーコマンド導入(IntelコンパイラのOpenMP障害への対応)
/ Aprun wrapper command was introduced to the System A.

以前より,システムAにおいて,IntelコンパイラによりコンパイルしたOpenMPプログラムを実行する際に,全スレッドが1コア上で実行されてしまう問題が発生していました.この問題の解決策としてシステムAにaprunコマンドのラッパーを導入し,ジョブ実行時に適切な-ccオプションを自動追加することで正常なスレッド割当を実現しました.

ログイン時にデフォルトでmoduleファイル(aprun_wrap)を読み込むようにしましたので,aprunコマンドを通常通り実行するだけで問題を回避できます. なお,追加したオプションの情報はジョブの標準エラー出力に表示されます.

【スパコン】システムAのIntelコンパイラにおけるOpenMP利用について

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Regarding the failure occurred in the System A that all threads are executed on one core when executing an OpenMP program compiled by Intel compiler, this update includes that normal threads can be allocated by introducing an aprun wrapper command in the System A and by automatically adding an appropriate -cc option when executing a job. Therefore, this failure can be avoided by normally executing an aprun command. Using this command, the module files (aprun_wrap) are loaded by default when logging in to the System A. For the details of the added options, see the standard error output in the job script.

Using OpenMP with Intel compiler in the System A

 

2. known_hostsファイルのハッシュ化 / known_hosts files have been hashed.

セキュリティの強化のために,ssh接続時に$HOME/.ssh/known_hostsファイルに記録されるホスト名やIPアドレスを,デフォルトでハッシュ化して記録するように設定変更しました.また,全利用者のknown_hostsに記録されているホスト名やIPアドレスについても,強制的にハッシュ化を実施しました.

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To strengthen security when connecting using SSH, instead of recording the host names or the IP addresses on the known_hosts files under $HOME/.ssh, this update includes that the host names and IP addresses are hashed by default and then recorded on the files. Accordingly, the names and IP addresses recorded on all of the users' known_hosts files have been forcibly hashed.

 

3. ソフトウェアの新バージョン導入 / New versions of the software are now available.

今回の保守で導入した,ソフトウェアの新バージョンは下表に記載した通りとなります.

なお,各ソフトウェアの利用方法については,以下のWebページをご覧ください.

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Those listed below are the newly-installed versions of the software.

For details on how to use the software, see the webpages below:

 

ソフトウェア名
Software
新しく公開したバージョン
New Version
対応するmoduleファイル
Modulefile
Cray compiler 8.2.2 cce/8.2.2
Intel MPI library 4.1.2 impi/4.1.2
Cray LibSci library 12.1.3 cray-libsci/12.1.3
Java JDK 7u45 java/jdk1.7.0_45

 

4. Module環境設定時のデフォルトバージョンの変更
/ The default version when configuring the module has been changed.

Moduleコマンドによる環境設定時のデフォルトバージョンを,以下の通り変更しました.

Moduleファイル名のスラッシュ(/)とバージョンを省略してロードすると,デフォルトのバージョンが読み込まれます. デフォルト以外のバージョンを利用したい場合は,スラッシュとバージョン番号を明記してロードしてください.

Modulesを使用した環境設定の詳細については,以下のWebページをご覧ください.

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This listed below is the default version when configuring using the module command.

When loading a module file without the slash (/) and the version number, the default version of the software is set. Also, when using the version other than the default version, load the module file with the slash and the version number in the file name.

For details of the configuration using modules, see the webpage below:

 

ソフトウェア名
Software
デフォルトバージョン(変更後
Default Version (Current)
デフォルトバージョン(変更前)
Default Version (Previous)
Java java/jdk1.7.0_45 java/jdk1.6.0

Inquiry 京都大学 情報部 情報基盤課 研究支援グループ
TEL:075-753-7431
E-mail:consultkudpc.kyoto-u.ac.jp

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