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【スパコン】定期保守でのソフトウェアアップデートのお知らせ / Notification of the Software Update

2017年10月11日(水曜日)掲載


平成29年10月9日からの定期保守において,システムA/B/Cのソフトウェアのアップデートを実施しました.

  1. ソフトウェアの新バージョン導入
  2. [システムB/C] バーストバッファの提供について
  3. [システムB/C] メモリ制限のバグ修正について

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The Supercomputer Systems have been updated upon the completion of the maintenance work started on October 9, 2017.

This update includes the followings:

  1. New Versions of the Software
  2. [System B/C] Provision of the Burstbuffer
  3. [System B/C] Fix of the bug relevant to memory usage restriction

1. ソフトウェアの新バージョン導入 / New Versions of the Software

今回の保守で導入した,ソフトウェアの新バージョンは下表に記載した通りとなります.

なお,各ソフトウェアの利用方法については,以下のWebページをご覧ください.

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Those listed below are the new versions of the software installed during the maintenance.

For details on how to use each software, visit the following webpages:

ソフトウェア名
Software
新しく公開したバージョン
New Version
対応するmoduleファイル
Modulefile
システムA / System A
Intel Compiler 17.0.5 intel/17.0.5
18.0.0 intel/18.0.0
PGI Compiler 17.9.0 pgi/17.9.0
Intel MKL 2017.5 intel/17.0.5
2018.0 intel/18.0.0
システムB,C / System B,C
Intel Compiler 17.0.5 intel/17.0.5
18.0.0 intel/18.0.0
Intel MPI 2017.5 impi/2017.5
2018.0 impi/2018.0
Intel MKL 2017.5 intel/17.0.5
2018.0 intel/18.0.0
Intel Vtune Amplifier 2018 iutils/xe2018
Intel Trace Analyzer 2018 iutils/xe2018
Intel Advisor 2018 iutils/xe2018
Intel Inspector 2018 iutils/xe2018
PGI Compiler 17.9.0 pgi/17.9.0
Maple 2017 maple/2017
Marc 2017 marc/2017
MATLAB 2017b matlab/R2017b
Nastran 2017.1 nastran/2017.1
Patran 2017 patran/2017
AVS 8.4 avs/8.4
Tecplot360 2017R2 tecplot360/2017R2

2. [システムB,C] バーストバッファの提供について / Provision of the Burstbuffer

システムB,Cから利用可能なバーストバッファ領域として、IMEの提供を試験的に開始いたします.
バーストバッファは,SSDにより構成された高速な一時ストレージであり,プログラムによっては性能改善が期待できるものです.
I/O性能がボトルネックになっている場合にご利用をご検討ください.

ご利用になりたい場合は,下記URLを参考にメールで申請をお願いします.
http://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual-new/ja/filesystem/ime

システムA用のバーストバッファの試験提供は12月以降になる見込みです.

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The IME, which is a burstbuffer for the system B/C, is now available (trial operation).
Burstbuffer is a fast SSD temporary storage, which may improve the performance of your program.
If your program has a bottleneck on I/O performance, we hope the IME is useful for you.

Registration is needed to use the IME.
http://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual-new/en/filesystem/ime

The burstbuffer on System A will be available on December or later.

3. [システムB,C] メモリ制限のバグ修正について / Fix of the bug relevant to memory usage restriction

#QSUB -A オプションにより、ジョブ投入時に宣言したプロセスあたりのメモリ量の制限が機能していないバグが見つかったため,
今回の保守で修正いたしました.

これまで,本来はメモリ超過になるべきジョブを実行していた場合,今後はジョブがエラーで終了します.
該当する場合は,バッチジョブの標準エラー出力に下記のメッセージが残ります.メモリの指定値を修正し,再投入をお願いします.

/var/spool/PBS/mom_priv/jobs/1105396.jb.SC: line 28: 179454 Killed 

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A bug was found that the compute nodes cannot correctly restrict the amount of memory per process which a job specifies with the #QSUB -A option.
That bug has been fixed in the maintenance this time.

After the maintenance, a job which uses the amount of memory exceeding the restriction by #QSUB -A will be aborted with an error.
If your job is involved in the above error, the following message is in the standard error output of the job. Please adjust the description of job relevant to the memory and re-submit the job.

/var/spool/PBS/mom_priv/jobs/1105396.jb.SC: line 28: 179454 Killed 

お問い合わせ 京都大学 企画・情報部 情報基盤課 スーパーコンピューティング掛
E-mail:consultkudpc.kyoto-u.ac.jp
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