Windows 8.1にアップデートした後のICカード認証は
インストールされたIE11のインターネットオプション->詳細設定の
セキュリティの項目のTLS1.1 とTLS1.2がチェックされている為に
正常に動作しないようです．
これらを外すと正常に認証できます．