コンテンツ

  1. ホーム
  2. よくある質問
  3. スーパーコンピュータ
  4. スーパーコンピュータの利用

スーパーコンピュータの利用 よくある質問

スーパーコンピュータ側でSSH(TCPプロトコルの22番ポート)へのアクセス制限は特にしていません.お使いのネットワークの管理者にお問い合わせください.なお,ログインはSSH の鍵認証に限定しており,パスワードでの認証は禁止しています.

ログインの手順はこちらのページをご覧ください.

システムA,B,Cともに,ログインは鍵認証に限定しています.鍵ペアを作成して,利用者ポータルに公開鍵を登録していただく必要があります.

情報環境支援センター(スパコン担当)まで,お問い合わせください.なお,メールでお問い合わせいただく場合は,利用者番号,氏名を記載の上,できる限り登録いただいているメールアドレスから送信いただくようお願いします.

利用者ポータルでの公開鍵登録は,ログイン成功後は無効に設定しております.公開鍵の追加は,スーパーコンピュータにログイン後,~/.ssh/authorized_keys のファイルに直接追記することで可能です.

未契約のサブシステムにログインを試みた場合などに表示されます.

ログイン権限がないことを知らせるエラーメッセージです.

パスフレーズを忘れた秘密鍵は使用できませんので,鍵ペアを作成し直すことになります.利用者ポータルでの公開鍵登録は,ログイン成功後は無効になっていますので,情報環境支援センター(スパコン担当)までその旨お知らせください.なお,メールでお問い合わせいただく場合は,利用者番号,氏名を記載の上,できる限り登録いただいているメールアドレスから送信いただくようお願いします.

Exceed onDemand は鍵認証に対応していないため,Port Forwardを併用する必要があります.詳しくはExceed onDemandでの接続をご覧ください.

前年度から継続してシステムを利用する場合は,パスワードも前年度からの引継ぎとなります.利用承認書に記載されているパスワードではなく,前年度と同じパスワードでログインしてください.

スーパーコンピュータシステムは,システムの保守,障害のメンテナンスなどで一時的にサービスを停止することがあります.サービス停止中は,システムにログインすることができませんのでご了承ください.サービスの停止については,メールやウェブサイトで適宜お知らせしています.

ログインは当該年度のサービス終了日(例年,3月末には年度末作業のためサービス休止期間を設けています)までとなります.必要なデータは,年度末までにダウンロードをお願いします.なお,新年度の5月末まではログインはできませ んがファイル転送は可能ですので,サービス終了直前に実施した計算結果などのダウンロードをしたい場合等にご活用ください.

原則として,必要なデータはログイン可能な年度末までにバックアップをお願いしていますが,事情によりログインが必要な場合には こちらまでお問い合わせください.

こちらに未継続の利用者番号でも認証可能な問い合わせフォームを設置しております.昨年度の利用者番号,パスワードとともに,追加登録を希望する公開鍵を「お問い合わせ内容」の欄に記入して送付してください.

SSHクライアントと,環境変数LANGの設定をしてください.

SSHクライアントの設定(Windows)
    • Putty(日本語) の場合

Putty設定の「ウィンドウ」→「変換」→「文字コードの設定」で「UTF-8」を選択

    • TeraTermの場合

メニューの「設定」→「端末」→「漢字-受信」と「漢字-送信」で「UTF-8」を選択

環境変数LANGの設定
tcshの場合
 $ setenv LANG "ja_JP.UTF-8" 
bashの場合
$ export LANG="ja_JP.UTF-8"

tcsh 利用の場合は ~/.tcshrc ,bash 利用の場合は ~/.bashrc に以下のように記述してください.

(Gaussianの環境設定をする場合)module load gaussian09

ホームディレクトリは一律でquotaを設定しており,変更はできません.パーソナル,グループ,専用クラスタコースをご利用の方は,ホームディレクトリのほか,大容量ディスク(LARGE)がご利用いただけます.

グループコース,パーソナルコースのキューでは,ジョブの経過時間を標準で1時間に設定しています.経過時間の制限値を標準の1時間以外に指定する場合は「-W」オプションで指定してください.

なお,エントリコース用のキュー(eb)では,ジョブの経過時間を1時間に制限しており,これを拡張することはできません.

グループコースではグループ内の他の利用者とキューを共用します.ジョブの計算資源がキューの最低保証コア数を超える場合,他のキューと資源を取り合うことになりますので,システム全体の混雑状況によってはなかなか実行されない場合があります.

また,大規模ジョブがスケジューリングされている場合,大規模ジョブの規模にもよりますが,その期間はジョブが実行待ちになりやすくなります.大規模ジョブの予定については「大規模ジョブスケジュール」をご覧ください.

この表示は,要求した計算資源量が,各キューに設定された1ジョブあたりの資源量の上限を超えているためジョブが投入できなかった場合に出るものです.

各キューの1ジョブあたりの資源量の上限は,サービスコースの承認メールでお知らせしているノード数となります.グループコースでは,qgroupコマンド(システムA,システムBC)で表示されるSTDの値で確認することも可能です.

なお,以下の表に示す1コアあたりのメモリ容量を超える資源を要求した場合,必要とするメモリ容量分のコアを使用するとみなします.例えば,システムAでプロセスあたり3000MBのメモリを要求する4プロセスのプログラムの場合,プロセスあたりの3000MB/1355MBを切り上げた3コアの計算資源を要求とみなし,3コア×4プロセスの12コア分の計算資源を使用することになります.

システム1コアあたりのメモリ容量
A 1355MB
B 3413MB
C 42666MB
E 3072MB

ジョブスクリプトの改行コードがWindows形式(CR+LF)になっている場合,このようなエラーが出るようです.dos2unix コマンドでUnix形式に変換してからジョブを投入してください.

qdelコマンドを打っても「unknown error」などが表示されてジョブを削除できない場合,-W forceオプションをつけると削除できる場合があります.

構文: qdel -W force ジョブ番号

標準エラー出力ファイルに下記のメッセージが出ていないかご確認ください。

/var/spool/PBS/mom_priv/jobs/1105396.jb.SC: line 28: 179454 Killed 

上記のようなメッセージが出ている場合、ジョブスクリプトの#QSUB -Aオプションで要求したメモリ量では足りていない可能性があります。

2017年10月の定期保守において、ジョブ投入時に宣言したプロセスあたりのメモリ量の制限が機能していないバグが見つかったため,修正しております。

これにより、本来はメモリ超過になるべきジョブを実行していた場合,今後はジョブがエラーで終了します.

該当する場合は,ジョブスクリプトのメモリの指定値(#QSUB -A m=xxx のxxxの値)を上方修正し,再投入をお願いします.

京大スパコンでは、他のジョブの妨げにならないよう、同時刻に実行中のジョブの標準出力の合計を8GBに制限させて頂いております。
8GBを超えた場合、システムの監視が発見次第、同時刻に実行中のジョブを含めて強制終了となります。

大量のデータ出力がある場合は、以下のようにリダイレクト等を活用して、標準出力ではなくファイルに書き出していただくようお願いいたします。

例:システムA

aprun (中略) ./a.out > output.log

システムによって,利用できるアプリケーションは異なります.詳しくは,サービスコース選択ガイドをご覧ください.

アプリケーションを利用する場合は,事前にmoduleコマンドで環境設定が必要です.具体的な手順はこちらをご覧ください.

SASはシステムB,Cのログインノードのうち,1台でのみご利用いただけます.利用される際は, sas.kudpc.kyoto-u.ac.jpに接続してください.

maple を起動する前に プロセスリミットのメモリサイズ(virtual memory)の制限を拡張すると,正常に動作することがあります.
プロセスリミットの詳細は こちら をご確認ください.

tecplot の起動時に -mesa オプションを加えて実行すると,正常に動作することがあります.

なお,-mesa オプションはOpenGL グラフィック・ライブラリーの機能をソフトでエミュレーションするものです.
そのため,描画速度が少し遅くなります.

また,Failed to create OpenGL Contextと表示され,Tecplotが起動できない場合も,-mesa オプションを加えて実行することで起動できることがあります.

Exceed onDemandで,システムにログインする際に指定する設定ファイル(Xconfigファイル)を変更することで,アプリケーションがGUIモードで正常に起動することがあります.

ユーザID,パスワードを入力し,接続情報画面にてXconfigファイルに Passive_noglx.cfg を指定して,システムにログインしてください.

アプリケーションを使用する場合,GUI使用時には xrun コマンドを,GUIを使用しない場合は tssrun コマンドを使用してください.

また,tssrunやxrunのウォールタイム(実行時間上限)は標準1時間です.1時間以上アプリを実行したい場合は,-Wオプションをつけて実行時間上限を変更してください.

コマンドの詳細は「会話型処理」をご覧ください.

Intelコンパイラのコンパイルコマンドは,システムAとその他のシステムで異なります.システムAでは ifort コマンドではなく,ftn コマンドを利用してください.

relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against `.bss'
additional relocation overflows omitted from the output

プログラム中で静的に確保されるメモリ量が,2GBを越えていることが考えられます.コンパイル時に以下のオプションを指定してください.

(システムA)
Crayコンパイラ -h pic -dynamic
Intelコンパイラ -mcmodel=medium -shared-intel -fpic -dynamic
PGIコンパイラ -mcmodel=medium -dynamic
GNUコンパイラ -mcmodel=medium -fpic -dynamic

(システムB)
Intelコンパイラ -mcmodel=medium -shared-intel
PGIコンパイラ -mcmodel=medium
GNUコンパイラ -mcmodel=medium

ftn-73 crayftn: ERROR MAIN, File = sample.f90, Line = 6, Column = 30 This control item specifier is not allowed for this I/O statement.

OPEN文中でのCONVERT指定子は,Fortran標準規格には存在せず,Crayコンパイラでは対応していません.そのため,Crayコンパイラではビッグエンディアン形式とリトルエンディアン形式の両方のファイルを,同一プログラムで読み込むことはできません.

lib-4211 : UNRECOVERABLE library error A WRITE operation tried to write a record that was too long.

Encountered during a sequential formatted WRITE to unit 11 Fortran unit 11 is connected to a sequential formatted text file: "fort.11" Current format: 1000 FORMAT(1000(f7.5,1x))

Cray Fortranコンパイラでは,1行当たりの出力制限がデフォルトで1024文字となっています.このエラーを回避するためには,OPEN文中でRECL指定子を用いて,1行当たりの文字数を指定してください.(例: recl=2048)

sample.s:837: Error: 0x9ab5c0f0 out range of signed 32bit displacement

Fortranプログラムにおいて,サブルーチン中のローカル変数で使用するメモリ量が,2GBを越えていることが考えられます.コンパイル時に,-ev オプションを指定してください.

MPI_Irecv(110): Null Datatype pointer

MPIプログラムにおいて,MPI_LONG_DOUBLE型を使用していることが考えられます.Crayコンパイラでは,MPI_LONG_DOUBLE型をサポートしていませんので,MPI_DOUBLE型をご利用ください.なお,システムAでMPIを使用される場合,Intelコンパイラ(PrgEnv-intel),およびGNUコンパイラ(PrgEnv-gnu)がMPI_LONG_DOUBLE型に対応しています.

スーパーコンピュータ利用者であれば,講習会の受講に関係なくアプリケーションを利用することができます.なお,利用できるアプリケーションはシステムなどによって異なりますので,詳細は「アプリケーションソフトウェアの利用」を確認してください.

講習資料は講習会終了後, 講習会一覧 からダウンロードできます.電子ファイルの提供ができない一部の講習会については,紙媒体の資料を残部が出た場合に限り,ご希望の方に配布しています.資料配布を希望される場合は, 研究情報掛 までお知らせください.

利用者ポータルで,自身のセッション,TSS,バッチの情報が確認できます.また,支払責任者の方は利用者の情報,グループ管理者の方はグループメンバのバッチ情報を確認できます.

環境変数MALLOC_ARENA_MAXを1に設定することで起動するようになります。

例:bash環境の場合

export MALLOC_ARENA_MAX=1

 

Copyright © Institute for Information Management and Communication, Kyoto University, all rights reserved.